特搜9 特别篇：特搜队最后的案件

5年前の巡査部長夫妻殺害と1年前の警部補殺害の容疑で暴力団、龍丸会の会長・田野崎を逮捕した警視庁捜査一課特捜班。取り調べを進めるが、主任の直樹（井ノ原快彦）は、妙に素直に取り調べに応じ、ついには全面自供までした田野崎の態度が腑に落ちない…。 

時を同じくして、警察庁審議官の桃子（名取裕子）が特捜班を訪ねてくる。相談があって警視総監・神田川（里見浩太朗）を訪ねたら、特捜班のところへ行けと言われたという。桃子は、ナイフを持った男に襲われた大学の後輩で検察庁・検事長の法子を守ってほしいと言い、直樹らが警護と襲撃犯の捜査をすることに。しかし、班長・宗方（寺尾聰）は桃子が何か隠しごとをしていると感じていた…。 

早速、検察庁を訪れた直樹と新藤（山田裕貴）は、検察事務官の美里から、法子を襲った男を裏で操っているのは元検事長の杉浦だと告げられる。杉浦は自分の不倫スキャンダルを法子がジャーナリストの千夏にリークしたと思い込んで、逆恨みしていると言うのだ。さらに、杉浦は、龍丸会から分裂して巨大勢力になった帝都龍丸会の顧問弁護士をしているので、犯人は帝都龍丸会の構成員に違いないと憤る美里を、法子は検事長らしく“憶測だけで語ることは許されない”と、いさめる。 

一方、法子の襲撃現場の防犯カメラの映像を見ていた志保（羽田美智子）と村瀬（津田寛治）は、慌てて立ち去る女を発見。それは杉浦の不倫スキャンダルの相手で銀座のクラブのママ・涼香だった。 

数日後、特捜班に涼香が殺されたという連絡が。背中を刺され、布で目隠しされた涼香の遺体を目にした直樹らは、目隠しは犯人が何かを暗示しているのではないかと疑う。さらに、青柳（吹越満）と矢沢（田口浩正）の捜査で、涼香は十年前に龍丸会の会長・田野崎の愛人だったことが判明する。 

涼香が何らかの理由で法子に接触しようとしていたこともあり、警護しながら法子の周辺も探ることになった特捜班。捜査にかこつけ、実は一目惚れしていた美里に話を聞きに行った新藤だが、龍丸会の男を見掛け、彼女と別れて尾行を開始する。するとその時、何者かが新藤の背中を刺した…！ 

新藤も涼香と同様に布で目隠しされていたと知った直樹が、この目隠しは裁判において先入観をもたないという理念を表すテミス像を暗示しているのではないかと考え始めた矢先、新たな被害者が！